中國音樂學院音樂研究所于1964年該院建院時成立。最初,作為重點教學機構對外相對獨立。其主旨是通過音樂創作和學術研究促進教學,爭取將新的作品和學術成果及時地轉化為教學資源。1980年中國音樂學院復院以后,音樂研究所一度更名為“創研部”,又于1996年改制成為研究部。除了主要負責全院科研管理工作之外,還要承擔研究生培養、本科后管理繼續教育的工作,下設了研究生辦公室、學科建設辦公室、科研辦公室和國樂館。2004年在學院領導的關心和領導下,根據部門的學術特點,成立了中國音樂學院音樂研究所。
目前,中國音樂學院音樂研究所在積極配合學院的專家委員會來組織、實施對全院重大科研項目及學術活動,進行學術咨詢和探討等方面工作的同時,也承擔了學院的學術活動和對外的學術交流活動。中國音樂學院音樂研究所匯集了樊祖蔭、李西安、楊通八、高為杰、張維良、吳文光、陳銘道、張靜蔚、謝嘉幸等著名音樂理論家,為中國音樂學院音樂研究所的各項工作的開展,提供了強有力的學術依據。