上海音樂學院音樂研究所成立于1950年10月。當時名為“中央音樂學院上海分院音樂研究室”，是全國最早的音樂學術研究機構，由我國音樂學一代宗師沈知白先生親自創建。1953年，更名為“上海音樂學院民族音樂研究室”，由賀綠汀任主任，1958年由孟波任主任。在賀綠汀院長的關懷下，音研所粹集上海音樂學院音樂學科精英，編譯國外重要文獻，致力著書立說，十多年來，為我國音樂學的研究打下堅實基礎。1972年，更名為“上海音樂學院音樂研究室”，由焦杰任主任。1982年，更名為“上海音樂學院音樂研究所”。

　　1982-83年：由著名學者錢仁康先生主持工作，在他的帶領下，一大批知名專家學者如夏野、譚冰若、羅傳開、葉棟、廖乃雄、汪啟璋、顧連理、吳佩華以及改革開放后涌現出來和海外學成歸來的學者如楊立青、趙曉生、林華、楊燕迪、洛秦、趙維平、孫國忠等，為新興學科的建設、中外文化的交流、音樂史料的收集、民族音樂遺產的搶救等發揮了很大的作用，取得了很大的成績。其后的幾任領導先后有：1984-87年：所長廖乃雄，副所長焦杰。1988年：所長羅傳開。1989-92年：所長羅傳開，副所長趙佳梓。1993-96年：所長趙佳梓。1997-98年：副所長湯亞汀。現任管理人員為：所長林華，副所長洛秦，秘書李小諾、資料員楊小青。

　　近年來，為了使科研工作堅持弘揚先進文化、更好地服務于社會文明建設、帶動學術研究向廣深發展，音樂研究所在院領導的帶領下，明確辦所方向，精簡機構，自2001年9月起實行“科研課題聘任制”， 在全國率先制定智力勞務酬金和配置相應科研經費的標準，面向海內外公開招聘科研人員，定期向全院教學和科研人員以及海內外學者提出一系列探索音樂發展規律和關切社會文化實際的科研課題指南，發布招聘公告，與獲聘者簽定聘用合同關系。與此同時，音研所密切關注社會文化發展的問題，結合學科發展的前沿進行新興交叉學科的探索和尖端課題的研究，撥出可觀的資金資助了一批高質量的科研成果，并通過“音研所——出版社”的科研一條龍體制，積極轉化為市場效應。

　　本所現設有“中日音樂文化交流中心”、“音樂劇研究中心”和“上海音樂學院校史研究中心”以及其他相關機構。并將通過上述研究中心，積極聯絡相關的學術機構和學者，就共同關心的問題展開交流，建筑學術研究平臺，共同推進我國音樂學術研究的發展。

　　近年來主辦的主要學術活動及研究項目有：

　　2003年9月舉辦的“全國音樂學術規范研討會”

　　2003年11月音研所主辦召開“第五屆中日音樂比較國際學術研討會”

　　《中國大百科全書》、《中國戲曲音樂集成》、《英漢辭典》、《樂器全書》等辭典中的音樂條目編寫、翻譯和審編工作。：

　　文化部課題：國家5計劃中國藝術教育大系音樂卷中的《弦樂音樂史》卷;

　　文化部課題：《音階的起源與流變》;

　　文化部課題：《音樂數字化圖書館模型前期研究》;

　　國家重點課題：《吳越民俗音樂》;

　　美國猶太文化基金會課題：《上海猶太社區的音樂生活》;

　　人民音樂出版社：《二十世紀作曲家傳記》系列之一“薩蒂”;