1978年，朱同德從上海音樂學院調回到中央音樂學院開始重新執教之后，便開始了正常的教學工作。雖然朱同德還是希望能進樂團從事演出時也，但是朱同德和其他人一樣，一切都要聽從組織上的安排。在他的思想里，既然國家培養了自己，自己一定要聽從國家的安排，現在學校這樣缺少師資，自己應該義無反顧地回到教學崗位上，而不能存在非分之想。
       誰料到，朱同德開始執教之后，深深愛上了“教師”這樣一個神圣的職業，直至今日，他仍奮斗在音樂教育的第一線，曾歷任中央音樂學院管樂教研室主任、管弦系主任、中央音樂學院副院長，幾十年的教學活動為中國培養了大批的音樂人才。他培養的學生在國內、國際各種比賽中屢屢獲獎。改革開放以來，他對長笛的普及教育做了大量的工作，主編出版了《長笛考級教程》。
       1983年，中組部、中宣部、文化部組成了一個聯合工作組，進駐中央音樂學院開始物色合適領導班子，并找各部門談話做民意測驗、進行背靠背座談會、大禮堂開會進行民意測驗等，最后選中朱同德為副院長。當領導找朱同德談話時，朱同德心里緊張得不得了：“我自己能當副院長呢？我當教師雖然還算是合格的，但做教師和做領導那是完全不同的概念，我哪能做好呢？”但是無論朱同德如何緊張，還是接到了國務院頒發的燙金的任命書任命他為中央音樂學院副院長。如此慎重的任命書僅此一屆，以后的的任命書都是文化部頒發的，這對于朱同德來說也就成了人生中最燦爛的一個回憶。
       朱同德剛上任沒多久，便作為中央青年樂團團長帶隊去歐洲共同體訪問。這對朱同德來說又是一個驚喜，也是一次考驗，和100多個國家的音樂團體進行了藝術交流，去的都是這些國家最繁華的城市，吃住行全由朱同德帶隊，而且還要隨時注意觀察隊員的心理狀態。這個任務非常艱巨，朱同德是做學生工作的，對學生的思想動態還算比較了解，不能不管，也不能管太嚴。為此，朱同德在訪問期間，經常睡不著覺。終于，功夫不負有心人，樂團到瑞士、意大利、英國、法國、德國等若干個國家整個訪問演出了一圈并沒發生任何意外，全班人馬全部安全回國，并且在德國演出時，觀眾站起來鼓掌，這輝煌時刻，朱同德至今仍記憶猶新。
如今回想起來，朱同德說：“相比于樂團，我更喜歡教學。教學這門學問特別有意思，對不同的學生要有不同的方法，要因材施教，而不像樂團里只是單純的專業上的提升。教學必須要擔負起責任，對學生要負起責任，要付出很多心血，但是樂團里就相對比較簡單，排練完了，演奏完了，也就沒事情了。教學就顯得更加神圣、高尚。”朱同德唯一遺憾的是，事業最頂峰的時候被文化大革命耽誤了，沒有開過獨奏音樂會。