日內瓦大劇院芭蕾舞團的歷史可以追溯到19世紀初期,最初它坐落于巴思泰,后發展成為如今的日內瓦大劇院。從20世紀初開始,愛彌爾·雅克·達爾克羅茲和恩奈斯特·安塞美在音樂方面極大地影響了日內瓦芭蕾舞界,也正是這兩位音樂家將以佳吉列夫為代表的俄羅斯芭蕾和尼金斯基的芭蕾風格引入到當地。
第二次世界大戰期間及戰后一段時間里,日內瓦大劇院芭蕾舞團編排了大量經典的群舞、雙人舞以及歌劇伴舞。1951年日內瓦大劇院不幸毀于一場大火,在之后很長的一段時間里,只有當地的賭場承辦過幾次巴黎歌劇院芭蕾舞團的演出,直到20世紀最偉大的芭蕾大師之一——莫里斯·貝嘉,在大劇院重建后接手芭蕾舞團,才使舞團又煥發勃勃生機。
1962年,為紀念日內瓦大劇院涅槃重生,藝術指導雅尼內·莎萊擴充了芭蕾舞團的陣容。繼莎萊之后,賽爾·戈洛文接任藝術總監一職,他曾是一代享譽世界的古典芭蕾大師。從1964到1969五年時間里,他不僅作為編舞和首席舞者呈現給觀眾大量優秀的作品,而且是一位桃李滿天下的老師。
1988至1989演出季伊始,曾擔任芬蘭國家芭蕾舞團和瑞典卡爾伯格芭蕾舞團藝術總監的格拉迪米爾·潘科夫執掌了日內瓦大劇院芭蕾舞團。在他的帶領下,舞團逐漸擺脫了古舊單一的模式,翻開了嶄新的篇章,眾多世界級的客座編舞們為舞團帶來了多元化的風格。
2009年,由托比亞斯·李希特出任舞團的藝術總監,繼續為舞團注入新鮮血液。隨著在北美、南美、澳洲、亞洲巡演的開展,舞團將其舞臺魅力帶向了更多喜愛精致藝術的觀眾。